SARS-CoV-2尖峰结构域、RGD和整合素结合效应在疫苗设计策略中的关系

07/20/2021

& lt; h2> Abstract< / h2>与需要在疫苗设计中寻找新的策略，以减少一些罕见的效应，如对一些注册产品的trombosys相关，它是一个有趣的SPIKE RGD域所发挥的作用。与纤维连接蛋白等分子的结合是一个有待深入研究的过程。更好地了解这一过程可用于提高新一代COVID疫苗的安全性。由于血栓形成等罕见的效应得到监管机构的认可，对某些疫苗的技术数据表进行了修改，因此对这一现象进行更多的研究是很有意义的。Spike蛋白及其结构域参与了COVID-19疾病的病理效应的产生。有趣的是，这种病理的一些病理效应类似于某些COVID-19疫苗类产生的一些罕见副作用。在回顾了与本课题相关的有趣文献后，提交了一个能够在体外验证spike procoaugulant特性的实验项目。

豇豆不育花叶病毒是一种绿色鼠疫-现有药物的现状和新的潜在靶点

06/14/2021

& lt; h2> Abstract< / h2>豇豆是一种蛋白质含量高、营养性状优良的重要豆类作物。它具有巨大的潜力，被农业社区广泛采用。它受各种生物和非生物胁迫的影响。生物胁迫下的不育花叶病(SMD)是造成豇豆产量严重损失的严重病害之一。该病毒属于马马拉病毒属，纤维瘤病毒科。SMD与两种不同类型的马拉病毒有关，鸽子豌豆不育花叶病毒1 (PPSMV-1)和鸽子豌豆不育花叶病毒2 (PPSMV-2)。它是由螨(Aceria cajani)传播的，主要是环境因素，这使得用螨接种病毒是可行的。SMD主要由包含显性等位基因的SV1两个基因控制，对SV2的抗性起抑制作用。方法采用RT-PCR、DIBA和ELISA法，采用碱性磷酸酶或青霉素酶进行鉴定。 To control SMV disease farmers generally adopted intercropping methods. There are few potential drugs have been identified for the administration of the disease such as 0.1% Fenazaquin, Dicofol, Imidacloripid, Carbosulfan; Spiromesifin includes the inhibition of the mite inoculation on the pigeonpea plant. The present review describes compressive and systematic insights on SMV protein targets and potential drugs that could be utilized as the presumed drug targets for the finding of true drugs against the SMD in pigeonpea.

toll样受体及其配体在脂肪细胞分泌中的作用

04/08/2021

& lt; h2> Abstract< / h2>背景:脂肪组织是能量稳态的主要部位之一，在脂肪因子的帮助下调节全身代谢。其正常功能的破坏导致脂肪组织重塑(主要是肥大和增生)，直接影响上述脂肪因子的分泌。肥胖以脂肪组织的慢性低度炎症为特征，是一种对全身代谢影响深远的疾病。炎症反过来导致免疫细胞渗透到组织中，进一步促进脂肪细胞功能障碍。目的:在我们的研究中，我们通过分化脂肪组织来源的干细胞(ADSCs)为白色和米色脂肪细胞来探索脂肪组织-先天免疫轴。我们进一步用脂多糖(LPS)、鞭毛蛋白或类似陨石素的胶质细胞分化调节剂(METRNL)刺激培养物，以触发炎症反应。然后我们评估toll样受体(TLR) mRNA的表达和白介素(IL-6)、白介素-8 (IL-8)、脑源性神经营养因子(BDNF)和神经生长因子(NGF)的分泌。结果:TLR2是脂肪细胞中表达最高的受体。此外，LPS和METRNL是白色和米黄色ebmp7(-)脂肪细胞中TLR2的强激活因子。 TLR4 was not significantly expressed in any of our cultures despite LPS stimulation. TLR9 expression is upregulated in ADSCs upon LPS and METRNL stimulation. IL-6 and IL-8 secretion is increased upon LPS stimulation in white adipocytes. METRNL activates both IL-6 and IL-8 expression in adipocyte cultures. Lastly, BDNF and NGF is secreted by all adipocyte cultures with beigeBMP7(-) and beigeBMP7(+) secreting slightly higher amounts in comparison to white adipocytes.

Conclusion: ADSCs and adipocytes alike are capable of expressing TLRs, but white adipocytes remain the highest expressing in both control and stimulated cultures. TLR2 is highly expressed in white and beige adipocytes whereas TLR4 showed no significant expression. LPS and METRNL trigger IL-6 and IL-8 secretion in adipocytes. Products of white adipocyte “browning” are capable of secreting higher amounts of BDNF and NGF in comparison to white adipocytes.

HIV蛋白酶抑制剂对2019 nCoV冠状病毒3CLpro作用的电子对比分析

07/03/2020

& lt; h2> Abstract< / h2>新型冠状病毒2019-nCoV已经成为人类的公害，在全球范围内传播，感染了很多人。因此，迫切需要治疗这种病毒引起的严重肺炎。在本研究中，我们对HIV蛋白酶抑制剂对冠状病毒3CLpro蛋白进行了硅比较分析，揭示了相互作用中的主要相互作用和常见氨基酸残基。氨基酸相互作用分析表明，ARG4和LYS5是所选配体中主要的氨基酸靶标。结合能分析还表明，Cobicistat是3CLpro.

利用混合滤波器和包装器特征子集选择改进癌症疾病分类

02/11/2020

<；h2>；摘要</h2>&书信电报；p>；在癌症数据集的分类中，我们注意到它们包含许多影响分类准确性的附加特征。有许多进化算法被用来定义特征和减少维度模式，例如灰太狼算法（GWO），将其从连续空间转换为离散空间。本文提出了一种通过两个连续阶段进行特征选择的方法。第一阶段，通过基于数据大小建立的模糊模型，利用模糊互信息（FMI）技术确定疾病数据集最重要的特征选择。在第二阶段，使用二进制灰太狼优化（BGWO）算法确定影响分类过程的特定数量的特征，这些特征来自第一阶段。建议的算法FMI_BGWO通过与其他竞争算法相比获得更高的分类精度和少量选定基因来描述效率和有效性。</p>；

基于模糊互信息技术和二元蝙蝠算法的疾病分类

01/30/2020

& lt; h2> Abstract< / h2>遗传数据集具有大量的特征，这些特征可能会显著影响疾病分类过程，特别是与癌症疾病相关的数据集。进化算法(EA)被用来寻找执行这些计算的最快和最好的方法，比如蝙蝠算法(BA)，它通过将搜索区域从连续变为离散来减少维度。本文提出了一种基因选择方法，该方法分为两个阶段:第一阶段采用模糊互信息(FMI)方法，通过建立基于数据集大小的模糊模型来选择最重要的基因;在第二阶段，利用BBA来减少和确定固定数量的影响分类过程的基因，这是从第一阶段开始的。与其他算法相比，FMI_BBA算法通过获得更高的分类准确率和少量的选择基因来描述效率。

孕早期胎龄、母亲尿MALDI-Tof-MS筛查唐氏综合征的重要性

12/31/2019

& lt; h2> Abstract< / h2>& lt; p> & lt; strong>背景:& lt; / strong>MALDI-ToF质谱法可作为临床检验医学中一种直接、快速和负担得起的诊断工具的建议已经从微生物学的理论可能性变为现实。已有多项研究提出该技术在产科和妇科患者评估中的应用。特别地，我们建议采用MALDI-ToF质谱法检测孕妇的尿液样本，以检测唐氏综合征。& lt; p> & lt; strong>方法:& lt; / strong>回顾性收集了2007-2008年从高危妊娠队列收集的20例唐氏综合征和100例非非整倍体妊娠尿，采用MALDI-ToF质谱检测质量/电荷范围在1000 - 100000 m/z之间。光谱数据的归一化定义使用质量仓为100 m/z，表示为2000至11000 m/z的质谱的总离子计数的百分比。在90个100 m/z bins中，46个被鉴定为m/z bins，在这些m/z bins中，Downs和对照/非非整倍体样本之间的光谱发生了统计学上显著的差异。基于差异和方差，对于这些箱子的值，分配了唐斯概率的加权分数。 Comparative algorithms consisting of various mass bins were tested for ability to distinguish Down syndrome from non-aneuploid pregnancy.

Results: Although various algorithms could distinguish Downs from non-aneuploid controls, it was found that gestational age was a confounding factor and that if separated into gestational age matched cohorts the ability to distinguish the groups improved dramatically e.g. whilst a 19 bins algorithm separated 100% of Downs from non-aneuploid pregnancies for a 9% false positive rate in the mixed gestational ages group; a two bin algorithm distinguished 100% of Downs for a 6% false positive rate for the 12 weeks gestational age pregnancies.

Conclusion: Normalised MALDI-ToF mass spectra, at 2000 to 11000 m/z, of maternal urine gives rise to gestational age specific screening tests algorithms for Downs’s syndrome.

环境影响下灵芝漆酶与多配体底物结合作用的理论研究

12/19/2019

<；h2>；摘要</h2>&书信电报；p>；漆酶催化木质素和类似结构的芳香化合物的氧化。它们的低底物特异性导致类似酚类化合物的降解。在这种情况下，分子对接是用不同的配体进行的，这表明存在潜在的生物降解。利用基于深度卷积神经网络的机器学习算法（DeepSite CNNs化学信息工具），对来自灵芝的真菌漆酶（访问号uniprotkb:A0A166P2X0）的结合活性位点进行预测。在此，分析了2,4-二氯苯酚、联苯胺、亚砜异恶唑、甲氧苄啶和四环素等配体，并添加了两个对照品，分别为2,2&；恩达什；阿齐诺比斯3号；恩达什；乙基苯并噻唑啉；恩达什；6-磺酸（ABTS）和2,6-二甲氧基苯酚（2,6 DMP）是基于漆酶亲和力高的原因而与前面提到的其他配体进行比较的。开展这五种配体是因为它们具有潜在的生物技术利益：抗生素亚砜恶唑、甲氧苄啶和四环素，以及外源性2,4-二氯苯酚和联苯胺。分子对接实验返回漆酶-配体复合物的吉布斯结合自由能（FEB或亲和力）。每个漆酶-配体构象复合物的最佳对接结合作用表明这些配体具有与漆酶活性结合位点相互作用的强大能力。在此，FEB值（kcal/mol）对于参考对照物具有更高的亲和力值，如2,6-二甲氧基苯酚与-4.8 kcal/mol以及ABTS与-7.1 kcal/mol。此外，对于2,4-二氯苯酚、联苯胺、亚砜异恶唑，分别与三甲氧苄氨嘧啶和四环素的疏水性残基结合。最后，本研究首次在生物信息学领域提出了一种分子对接方法，用于预测从赤灵芝到生物技术应用的漆酶潜在底物。</p>；

蛋白质分子非线性激发的性质及能量传递理论的有效性验证

04/09/2018

& lt; h2> Abstract< / h2>根据螺旋蛋白分子结构的不同性质，提出并建立了生物能沿分子链传递的理论，其中能量是通过三磷酸腺苷(ATP)水解而释放的。本文首先介绍了davydovs、Brown等人、schweitzero、cruzeiro - hansson、forner&pango等人的生物能源模型和理论的研究概况。随后，我们主要系统地研究和评述了Pang& rsquo和davydovo理论中在300K生理温度下传输生物能的载流子(孤子)的性质和稳定性。然而，davydovs和pang&rsquo等理论模型都是基于一个周期性的、均匀的蛋白质而建立的，与实际的生物蛋白质分子不同。因此，检验和验证生物能传输理论在真正的生物蛋白分子中的有效性是非常必要的。近三十年来，许多研究者采用不同的方法对这些问题进行了广泛的研究，取得了相当多的研究成果。本文综述了生物能量传输理论的正确性，包括davydovs和pang&psquo模型及其在结构非均匀性和无序性影响下的研究进展。蛋白质链的侧基和进口杂质，以及系统的生物温度引起的介质的热扰动和阻尼。结构的不均匀性是由于氨基酸残基和侧基的质量序列和进口杂质的无序分布，导致弹簧常数、偶极-偶极相互作用、激子-声子耦合常数、 diagonal disorder or ground state energy and chain-chain interaction among the molecular channels in the dynamic equations in different models. The influences of structure nonuniformity, side groups and imported impurities as well as the thermal perturbation and damping of medium on the bio-energy transport in the proteins with single chain and three chains were studied by differently numerical simulation technique and methods containing the average Hamiltonian way of thermal perturbation, fourth-order Runge-Kutta method, Monte Carlo method, quantum perturbed way and thermodynamic and statistical method, and so on. In this review the numerical simulation results of bio-energy transport in uniform protein molecules, the influence of structure nonuniformity on the bio-energy transport, the effects of temperature of systems on the bio-energy transport and the simultaneous effects of structure nonuniformity, damping and thermal perturbation of proteins on the bio-energy transport in a single chains and helical molecules were included and studied, respectively. The results obtained from these studies and reviews represent that Davydov’s soliton is really unstable, but Pang’s soliton is stable at physiologic temperature 300K and underinfluences of structure nonuniformity or disorder, side groups, imported impurities and damping of medium, which is consistent with analytic results. Thus we can still conclude that the soliton in Pang’s model is exactly a carrier of the bio-energy transport, Pang’s theory is appropriate to helical protein molecules.

蛋白质翻译后修饰位点的预测:综述

03/02/2018

& lt; h2> Background< / h2>翻译后修饰(post -translation modification, PTM)是指蛋白质在生物合成过程中或合成后发生的共价或酶促修饰。在蛋白质生物合成过程中，核糖体mRNA被翻译成多肽链，多肽链进一步发生PTM，形成成熟蛋白[1].

生物能量在蛋白质分子中的传输及其正确性的实验验证

01/18/2018

<；h2>；摘要</h2>&书信电报；p>；三磷酸腺苷水解释放的生物能与许多生命活动有关，并在溶液中运输，其运输理论首次在螺旋蛋白分子中阐述和构建。为了证实和验证输运理论的正确性，我们在这里系统地总结和回顾了我们和其他研究人员在过去30年中获得的大量实验研究和证据，涉及溶液的真实存在性及其特征和寿命。本文概述并具体介绍了乙酰苯胺胶原、双价血清白蛋白、肌红蛋白和大肠杆菌的红外吸收光谱、拉曼光谱和比热的特征。利用泵-探针技术和自由电子激光实验测量了乙酰苯胺和肌红蛋白溶液的寿命，给出了实验数据，并与理论结果进行了比较。这里提供的这些实验数据和证据足以验证和肯定新溶液的真实存在性，它可以在生命周期内完成自身的生物能量传输功能，以及乙酰苯胺和蛋白质分子中生物能量传输新理论的正确性。从而肯定了螺旋蛋白分子中生物能量传输理论的正确性，对分子生物学的发展起到了极大的推动作用/p>；

在硅分析和表征淡水鱼类atp酶和同源模型

10/11/2017

<；h2>；摘要</h2>&书信电报；p>；众所周知，ATP酶在生物体的许多生物活动中起着至关重要的作用。在本研究中，采用电子方法分析了鱼类ATP酶蛋白的理化性质和模型。本研究中使用了一种从鱼类物种中选择的蛋白质，包括金鱼（鲫鱼）、斑马鱼（斑马鱼）、白鱼（金枪鱼）、草鱼（草鱼）和金枪鱼（锦鲤）。理化性质表现为分子量（25045.58-25148.57Da）、理论等电点（9.30-9.97）、消光系数（26470-34950）、脂肪族指数（147.31-150.35）、不稳定性指数（32.84-42.67）、带负电荷残基和带正电荷残基总数（5/7-6/8），计算了水性总平均值（1.014-1.151）。所有蛋白均被归类为跨膜蛋白。在二级结构预测中，所有蛋白质均以随机线圈为主，其次是延伸链、α-螺旋和β-转。对蛋白质的三维结构进行了预测，并验证了其良好的结构。根据结构评估和立体化学分析，所有模型结构均被评估为可接受和可靠/p>；

提高印度水产养殖生产力的鱼基因组数据的微阵列分析

08/28/2017

& lt; h2> Abstract< / h2>本文简要介绍了微阵列技术及其实验设计和数据分析，并讨论了近年来在鱼类生物学和水产养殖中应用微阵列技术的研究进展。据报道，DNA微阵列已被用于分析鱼的各种生理、发育或细胞过程中的基因表达。最近，研究人员已经开始在鱼类上使用微阵列来解决生态、进化和环境问题，包括自然种群中基因表达的变异性、物种形成、生态型多样性、环境修复和宿主-病原体相互作用。该研究表明，欧洲和美国已经对鲑鱼和斑马鱼进行了大量的基因表达研究。同样的方法也适用于印度主要的鲤鱼和鲶鱼，以提高水产养殖部门的生产力。

基于BAR 3.0的蛋白质序列功能预测

06/23/2017

<；h2>；总结</h2>&书信电报；p>；蛋白质功能注释需要时间和精力，而测序技术又快又便宜。因此，旨在从序列预测蛋白质功能的软件工具的开发有助于蛋白质注释。<；br/>；在本文中，我们描述了如何使用我们最近实现的Bologna注释资源（BAR）版本3.0，这是一个基于3000多万个蛋白质序列的蛋白质结构和功能注释工具。在BAR 3.0中，序列排列在一个相似图中，当它们在90%的序列比对中共享至少40%的序列同一性时，就聚集在一起，总共有1361773个簇。</p>&书信电报；p>；具有已知功能的蛋白质序列在统计验证后将其注释转移到同一簇中的其他序列。具有未知功能的序列和进入集群的新序列继承其经统计验证的注释。</p>&书信电报；p>；在蛋白质功能注释算法（CAFA）的关键评估中，该方法与其他技术进行了很好的比较。CAFA实验在一个随时间积累注释的数据集上测试不同预测因子的性能。多年来，BAR预测已提交给CAFA的所有实例（CAFA中的BAR Plus、CAFA2中的BAR++和CAFA3中的BAR 3.0）。基准测试表明，现场改进仍然是可能的，我们的BAR得分在最佳执行方法中。</p>&书信电报；p>；这项工作的重点是该工具如何将具有统计意义的特征转移到转录组学或蛋白质组学实验得出的注释不良或新序列中。</p>；

蛋白质组学和生物信息学年鉴